JR恵比寿駅で6月26日の山手線始発から、車両側のドア開閉操作に連動して開閉するホームドア（可動式ホーム柵）の運用が始まった。ホームドアが設置されたのは外回り（1番線）と内回り（2番線）で、利用客の転落や列車との接触事故防止対策が目的。

　設置されたホームドアは一部をガラス化し、足元を見やすくした。ホームドアと車両の間には高性能センサーも備え、かばんや傘などが取り残された場合には、それらを検知し安全を確保するという。

　JR東日本では現在、ホームドアの設置に合わせて、山手線6扉車（7号車・10号車）の4扉車への取り替えを順次進めており、この部分のホームドアについては、4扉車への取り替えが完了する2011年中ごろより設置工事を行う。

　隣の目黒駅でも8月28日より運用開始を予定する。両駅で技術的な課題や列車運行に与える影響などを検証し、その結果を3駅目以降に反映し、2018年までをめどに山手線全駅導入を目指す。2008年の発表では、両駅のホームドア設置・ホームの構造改良などの地上工事＝約30億円、定位置設置装置の設置などの車両改造工事＝約20億円としている。